De nouveaux outils de création et de sélection variétale

Lors de la Journée innovation pomme de terre d'Arvalis le 28 janvier à Amiens (Somme), il a été fait un tour d'horizon des nouvelles technologies qui permettront de rester performant pour trouver les variétés de demain plus rapidement.

Pour être inscrites au catalogue, les variétés font l'objet d'une évaluation vis-à-vis de leur valeur agronomique technologique et environnementale (VATE). En 1954 les caractères pour évaluer la valeur agronomique de la variété étaient essentiellement la productivité et la précocité, la régularité de la forme et la profondeur des yeux, la résistance variétale vis-à-vis du mildiou du feuillage. En 1994, les critères se sont élargis à la qualité culinaire (tenue à la cuisson et fermeté de la chair), la qualité gustative et le noircissement après cuisson. Pour la résistance variétale, la gale commune a été intégrée à l'évaluation ainsi que la caractérisation vis-à-vis du virus Y.

Le critère valeur environnementale

En 2026, les caractères se sont encore davantage étoffés, notamment pour la production, avec la notion de calibre, la teneur en matière sèche, le nombre de tubercules par plante et la proportion de gros tubercules. Pour les critères d'utilisation, la coloration après friture, l'aptitude à la conservation et le repos végétatif. Pour la résistance variétale, le nombre de critères a également été renforcé avec la qualification des virus X, Y, la caractérisation vis-à-vis des nématodes à kystes et la sensibilité à l'égermage.

"Dans la décision de l'inscription, le poids des caractères de productivité s'est un peu réduit au profit des caractères d'utilisation et de résistance variétale. La part de la résistance variétale compte maintenant pour un tiers dans l'évaluation agronomique des variétés et une note de valeur environnementale a été intégrée au règlement technique", explique Aurélie Mailliard du Geves (Groupe d'étude et de contrôle des variétés et des semences), qui assure l'expertise des nouvelles variétés végétales et l'analyse de la qualité des semences.

La mention agroécologique

Le catalogue français a développé plusieurs façons de valoriser les variétés en fonction de leur comportement vis-à-vis d'une combinaison de critères :

• la rubrique chair ferme combine des exigences plus fortes vis-à-vis des critères de production et d'utilisation ;
• la note environnementale permet de lister des variétés qui bénéficient des CEPP (certificat d'économie de produits phytosanitaires), avec de grosses exigences en ce qui concerne les maladies du feuillage, du tubercule ;
• le dernier label concerne des mentions agroécologiques qui prennent en compte des critères de conservation et de bioagresseurs.

Pour les variétés de conservation, les mentions agroécologiques sont exigeantes. Les maladies du feuillage sont un critère d'entrée : les variétés doivent avoir un niveau moyen de résistance au mildiou du feuillage, au niveau du mildiou du tubercule, au virus Y et aux nématodes. Un autre critère d'entrée est le comportement d'une variété qui permet de réduire la consommation d'énergie : il est exigé que les variétés aient une aptitude minimum à une bonne conservation. Aujourd'hui, cinq variétés bénéficient de cette mention agroécologie conservation, dont la nouvelle variété Dodge.

Les nouvelles techniques génomiques

Dans un schéma de sélection classique, le phénotypage, sélection visuelle au champ, a ses limites : c'est long, coûteux, et cela ne permet pas d'identifier les gènes présents dans le matériel. "La sélection est un processus long qui demande beaucoup d'efforts. Il est important de pouvoir sélectionner pour des environnements changeants. On parle de stabilité du rendement", précise Sylvie Marhadour, responsable scientifique à l'institut technique du plant de pomme de terre (inov3PT), qui a présenté quelques innovations.

Les nouvelles techniques génomiques (NGT) permettent la modification de la séquence d'un ou plusieurs gènes afin d'en changer l'expression. Les nouveaux outils de biologie moléculaire et de biologie cellulaire mis au point récemment rendent possible cette modification, très rapidement passée dans le domaine de l'application en biologie animale et en santé humaine. "Cette technique est utile pour les caractères simples, gouvernés par un petit nombre de gènes. Il est nécessaire de très bien connaître le gène nécessaire pour l'expression du caractère recherché. Grâce à l'évolution des techniques, il est possible de modifier de façon très précise un ou plusieurs gènes", souligne Sylvie Marhadour.

Variétés hybrides (HTPS)

Dans les années 2000, des chercheurs ont identifié le gène qui permet à la pomme de terre de tolérer l'autofécondation. Ce qui permet d'en faire des lignées : le principe de base est de remplacer la culture de la pomme de terre tétraploïde hétérozygote par une culture diploïde homozygote. Le progrès génétique serait plus rapide avec cette technique de sélection, car il n'y a pas un gros travail de stabilisation donc beaucoup d'économie à faire. L'autre atout des hybrides pommes de terre se situe au niveau pratique, avec le transport de graines plutôt que de plants. Sur les aspects sanitaires, il y aurait moins de risques de transmission des bactéries et virus.

"Avec les HTPS, beaucoup de questions restent encore ouvertes, notamment sur le risque d'avoir une réduction de la diversité génétique disponible pour la sélection et donc pour les producteurs. La méthode et le matériel nécessaire pour la production de ses hybrides sont brevetés aux USA. Aujourd'hui, nous nous posons également la question de la performance agronomique des hybrides par rapport aux tétraploïdes, des questions sur la possibilité de combiner dans un hybride les 35 caractères de la sélection. Un groupe de travail au sein du CTPS réfléchit actuellement aux aspects réglementaires".

La révolution du génotypage

Le génotypage, sélection assistée par marqueurs, permet de venir lire l'ADN à un endroit précis pour savoir si des gènes de résistance à des maladies connues sont présents ou absents. "Le principe du génotypage est de prédire, avec quelques milliers de marqueurs, la valeur du matériel de sélection. Les progrès technologiques en termes de génotypage permettent aujourd'hui de travailler des caractères polygéniques, c'est-à-dire expliqués par plusieurs gènes. Les premiers travaux en pomme de terre datent de 2016".

Ces innovations technologiques adaptées permettront d'accélérer, d'aider ou d'optimiser certains endroits du schéma de sélection. Sylvie Marhadour a rappelé que le levier variétal n'est pas magique et qu'il doit être intégré dans une gestion globale de tous les leviers disponibles.•